Intensity modulated display for FRET images
Aim
FRETの解析などでFRET/CFPの画像を見やすくするためのIMDをImageJ上で行う
Installation
2. Intensity_Modulated_Display-1.1.0.jar をクリックし、右側のメニューからDownload raw file
3. ダウンロードした.jarファイルをFIji/ImageJのフォルダのプラグインに置く
Windows: C:\Program Files\ImageJ\plugins\
Mac: /Applications/ImageJ.app/plugins/ (right-click app, "Show Package Contents")
よくFIji/ImageJをダウンロードフォルダに置いている人がいるけど、他のファイルに埋もれるのでやめた方がよい
4. FIji/ImageJを再起動
Methods
FRETとCFPの2枚の画像を開く
FIji/ImageJのPlugins>FRET>Intensity modulated display
必要なパラメータを設定してOKを押す
https://gyazo.com/d5b2f1349192eb61746c5bc97c64366c
FRET image: 開いている画像の選択肢から選択、割り算の分子の方
CFP image: 開いている画像の選択肢から選択、割り算の分母の方
Ratio max: Ratioの上限値、画像が真っ赤だったらこの値を上げる必要がある
Ratio min: Ratioの下限値、画像が真っ青だったらこの値を下げる必要がある
Intensity max: Mask画像の上限値、画像が暗かったらこの値を下げる必要がある
Intensity min: Mask画像の下限値、画像のバックグラウンドが気になるときはこの値を上げる、弱いシグナルが消えているときはこの値を下げる
mask source: maskに使う画像の選択。
LUT: 基本はPhysicsで問題ない。ImageJのLUTのリストをとってくるのでカスタムLUTを使える（カスタムLUTの作り方は追記予定）
Test mode: チェックを入れるとタイムラプス画像の最初の1枚だけIMD画像を作る。パラメータの最適化をしたい時などに
Subtract background: Rolling ball方で画像の背景を減算する
Rolling ball radius: Rolling ballのサイズ、細胞より少し大いほうががよい
Multi-threaded processing: PCの種類によっては少し計算が速くなるかも
Save parameters: Fiji/ImageJに上記パラメータを保存し、次回読み込み時にもこの設定を読み込む
ImageJのコマンドとして実行できるので、マクロでバッチ処理可能。
code: imageJ macro
run("Intensity Modulated Display", "fret=FRET cfp=CFP ratio=2 ratio_0=1 intensity=1500 intensity_0=100 mask=Average (CFP+FRET)/2 lut=physics subtract rolling=100 multi-threaded save"); Remarks
同様の実装をImageJのマクロでも行っており、上記github上に置いてある。
プラグインのほうが速い。
Date :2025/12/5
Modified Date :
Author :y-goto.icon